HŽ Infrastruktura upravlja prugama u duljini od 2617 km, s 546 kolodvora i stajališta, 1503 željezničko-cestovna prijelaza, 109 tunela i 544 mostova. Odgovorna je za organiziranje i reguliranje prometa, obnovu i održavanje te građenje željezničke infrastrukture.
HŽ Infrastruktura je jedan od najvećih hrvatskih korisnika bespovratnih sredstava Europske unije, i to već od 2008. Ona je korisnik i pretpristupnih programa Europske unije (ISPA i IPA) te nakon pristupanja Hrvatske EU Strukturnih i investicijskih fondova.
HŽ Infrastruktura trenutno ima dva međunarodna zajma: zajam Svjetske banke za Projekt održivih Hrvatskih željeznica u Europi, namijenjen poboljšanju javnog željezničkog sektora te Europske banke za obnovu i razvoj za Projekt modernizacije HŽ Infrastrukture.

Rekonstrukcija kolodvora Brajdica obuhvaća ukupno osam kolosijeka na željezničkome području te izgradnju četiriju novih kolosijeka na lučkome području. Do sada su rekonstruirana prva četiri kolosijeka uz kolodvorsku zgradu i grade se preostala četiri kolosijeka. Rekonstruirana je kontaktna mreža i kolodvorska rasvjeta, a uz prva četiri kolosijeka sagrađena je kabelska kanalizacija i postavljene su nove skretnice. Uz kolodvorsku zgradu sagrađen je objekt za signalno-sigurnosne i telekomunikacijske uređaje te objekt za pomoćno napajanje. Na lučkome području izgrađeni su 400 m dugi kolosijeci na betonskoj podlozi, postavljeni rasvjetni stupovi i portali nosača kontaktne mreže i gradi se kabelska kanalizacija. Najsloženiji radovi su oni na izgradnji odnosno proširenju 400 m dugog tunela izvlačnjaka. Uz postojeći kolosijek tunel je proširen za još jedan kolosijek te će se uz redoviti promet vlakova istodobno moći manipulirati vlakovima. Portalna građevina, odnosno 70 m dug umjetni tunel, spojen je na ulaz u tunel i sada čini jedinstveni objekt s izvlačnjakom. U tunelu se trenutačno betonom popunjava prostor između stijene i oplate.

Projekt “Modernizacija i elektrifikacija željezničke pruge Zaprešić – Čakovec (R201) na dionici Zaprešić (isključivo) – Zabok (uključivo)” vrijedan je 614,4 milijuna kuna, od čega se 85 posto sufinancira EU-ovim sredstvima. Od 1. travnja 2019. do 31. listopada 2019. zbog opsežnih radova pruga je bila zatvorena za sav željeznički promet, a putnike su prevozili zamjenski autobusi. U tom razdoblju u cijelosti je položen novi kolosijek. Uređeni su i peroni u kolodvorima za prihvat putnika, izgrađeni željeznički mostovi i propusti, a završeni su i radovi u pothodnicima kako bi putnici sigurno mogli doći do željenih perona. Predstoje još završni radovi na peronima, na dovršetku odvodnje uz prugu, na kontaktnoj mreži, izgradnji parkirališta kao i na dovršetku cestovnoga mosta Horvacka i ugradnji signalno-sigurnosnih uređaja. Također, razvlačit će se vozni vod, a u Zaboku će se polagati i prvi i drugi kolodvorski kolosijek te graditi bočni peron.