HŽ Infrastruktura upravlja prugama u duljini od 2617 km, s 536 kolodvora i stajališta, 1505 željezničko-cestovnih prijelaza, 109 tunela i 544 mostova. Odgovorna je za organiziranje i reguliranje prometa, obnovu i održavanje te građenje željezničke infrastrukture.
HŽ Infrastruktura je jedan od najvećih hrvatskih korisnika bespovratnih sredstava Europske unije, i to već od 2008. Ona je korisnik i pretpristupnih programa Europske unije (ISPA i IPA) te nakon pristupanja Hrvatske EU Strukturnih i investicijskih fondova.
HŽ Infrastruktura trenutno ima dva međunarodna zajma: zajam Svjetske banke za Projekt održivih Hrvatskih željeznica u Europi, namijenjen poboljšanju javnog željezničkog sektora te Europske banke za obnovu i razvoj za Projekt modernizacije HŽ Infrastrukture.

Radovi na jednom od zahtjevnijih projekata HŽ Infrastrukture, kolokvijalnog naziva Rijeka Brajdica, u cijelosti su završeni. U dvije godine napravljeno je puno toga: rekonstruirani su gornji i donji pružni ustroj na osam kolosijeka, zamijenjena je kolodvorska rasvjeta, rekonstruirana kontaktna mreža, a sagrađeni su novi objekt za smještaj signalno-sigurnosnih i telekomunikacijskih uređaja te objekt za smještaj dizel agregata. Na području Lučke uprave Rijeka sagrađena su četiri nova kolosijeka u betonu, nove kranske staze za dizalice, parkiralište te odvodnja i separator za oborinske vode. Proširen je postojeći tunel Sušak, u koji je ugrađen izvlačnjak u dužini od 400 m te njegova unutrašnjost gdje su izgrađeni vatrogasni pristupi kolosijecima. Obavljeno je mjerenje kontaktne mreže mjernim vlakom, a preostalo je još urediti okolni teren na gradilištu te ispitati signalno-sigurnosne uređaje. Također priprema se dokumentacija za interni tehnički pregled. Nakon toga slijedi tehnički pregled te će se podnijeti zahtjev Agenciji za sigurnost željezničkog prometa.

Projekt “Modernizacija i elektrifikacija željezničke pruge Zaprešić – Čakovec (R201) na dionici Zaprešić (isključivo) – Zabok (uključivo)” vrijedan je 614,4 milijuna kuna, od čega se 85 posto sufinancira EU-ovim sredstvima. Od 1. travnja 2019. do 31. listopada 2019. zbog opsežnih radova pruga je bila zatvorena za sav željeznički promet, a putnike su prevozili zamjenski autobusi. U tom razdoblju u cijelosti je položen novi kolosijek. Uređeni su i peroni u kolodvorima za prihvat putnika, izgrađeni željeznički mostovi i propusti, a završeni su i radovi u pothodnicima kako bi putnici sigurno mogli doći do željenih perona. Predstoje još završni radovi na peronima, na dovršetku odvodnje uz prugu, na kontaktnoj mreži, izgradnji parkirališta kao i na dovršetku cestovnoga mosta Horvacka i ugradnji signalno-sigurnosnih uređaja. Također, razvlačit će se vozni vod, a u Zaboku će se polagati i prvi i drugi kolodvorski kolosijek te graditi bočni peron.