HŽ Infrastruktura trenutačno je jedan od najvećih korisnika bespovratnih sredstava EU-ovih fondova u Republici Hrvatskoj. No da bi se potencijali u području korištenja navedenih sredstava maksimalno iskoristili, Instrument za povezivanje Europe (Connecting Europe Facility – CEF) HŽ Infrastrukturi je krajem 2015. odobrio bespovratna sredstva za projekt „Tehnička pomoć za poboljšanje izgradnje kapaciteta upravitelja željezničke infrastrukture u Hrvatskoj“ u vrijednosti od gotovo 460 tisuća eura (CEF financira 100 %).
U sklopu toga projekta 9. rujna 2016. potpisan je ugovor s konzultantom Ernst & Young Savjetovanjem d.o.o. u vrijednosti 1,5 milijuna kuna, koji će HŽ Infrastrukturi pružiti potrebnu tehničku i administrativnu podršku u pripremi i provedbi projekata financiranih
iz CEF-a, što uključuje i edukacije, podršku u pripremi projektnih prijava, postupcima javne nabave itd. Početni sastanak predstavnika HŽ Infrastrukture i konzultanata Ernst & Young Savjetovanja d.o.o. održan je 20. rujna, čime je započela provedba ugovora u trajanju od 40 mjeseci.
Inače, HŽ Infrastruktura već je osigurala sredstva iz spomenutoga fonda za dva projekta, a to su „Izrada projektne i ostale dokumentacije za izgradnju drugog kolosijeka, modernizaciju i obnovu na dionici željezničke pruge Škrljevo – Rijeka – Jurdani“ i „Rekonstrukcija željezničkog kolodvora Rijeka Brajdica i kontejnerskog terminala Brajdica“ (u partnerstvu s Lučkom upravom Rijeka). Također, u pripremi je i izrada sporazuma za dodjelu bespovratnih sredstava iz spomenutoga fonda za projekt „Rekonstrukcija željezničkog kolodvora Rijeka – Zagrebačka obala kontejnerski terminal“, u kojemu je HŽ Infrastruktura također partner s Lučkom upravom Rijeka, a vrijednost CEF-ova sufinanciranja iznosi 26,85 milijuna eura. Dosada najveći projekt, za koji je u tijeku, isto tako, izrada sporazuma za dodjelu bespovratnih sredstava iz CEF-a vrijednosti 241,3 milijuna eura, a čije se potpisivanje očekuje tijekom studenoga, jest izgradnja dvokolosiječne pruge na dionici Križevci – Koprivnica – državna granica.