Druga faza Projekta HŽ Infrastrukture rekonstrukcije i dogradnje željezničke dionice Dugo Selo – Križevci financirat će se iz europskog Kohezijskog fonda u bespovratnom iznosu od 145 milijuna eura. Odobrila je to te objavila Europska komisija u ponedjeljak 28. kolovoza 2017. godine.
Ukupna prihvatljiva vrijednost cijelog projekta modernizacije 38,2 km željezničke pruge iznosi 194 milijuna eura te se provodi u dvije faze, odnosno kroz dva programska razdoblja.

U II. fazi planiraju se završiti radovi na pet nadvožnjaka i jednom podvožnjaku, u Ulici I.G. Kovačića u Vrbovcu, djelomično izgrađenim dionicama novog dijela pruge s cjelokupnim građevinskim, elektroenergetskim, signalno-sigurnosnim i prometno-upravljačkim podsustavima te u kolodvoru Vrbovec.

Također je u planu izvedba cjelokupnih radova na svim preostalim građevinama koji nisu bili uključeni u I. fazu, i to na šest nadvožnjaka, mostovima Zelina, Stara Lonja, Lonja, Stara Dulepska, Luka I, Lipnica, Luka, Luka II, Črnec i Petrovina, na mostu u kolodvoru Križevci i cestovnom mostu (u sklopu servisne ceste), u kolodvorima Dugo Selo, Gradec i Križevci te stajalištima Božjakovina i Repinec.

Osim navedenih radova planiran je dovršetak i svih ostalih radova na propustima, zidovima za zaštitu od buke, kontaktnoj mreži i sustavu napajanja te signalno-sigurnosnim i telekomunikacijskim uređajima.