HŽ Infrastruktura upravlja prugama u duljini od 2604 km, s 545 kolodvora i stajališta, 1512 željezničko-cestovnih prijelaza, 109 tunela i 538 mostova. Odgovorna je za organiziranje i reguliranje prometa, obnovu i održavanje te građenje željezničke infrastrukture.
HŽ Infrastruktura je jedan od najvećih hrvatskih korisnika bespovratnih sredstava Europske unije, i to već od 2008. Ona je korisnik i pretpristupnih programa Europske unije (ISPA i IPA) te nakon pristupanja Hrvatske EU Strukturnih i investicijskih fondova.
HŽ Infrastruktura trenutno ima dva međunarodna zajma: zajam Svjetske banke za Projekt održivih Hrvatskih željeznica u Europi, namijenjen poboljšanju javnog željezničkog sektora te Europske banke za obnovu i razvoj za Projekt modernizacije HŽ Infrastrukture.

Na području željezničkog kolodvora Rijeka Brajdica rekonstruirana su prva četiri kolosijeka. Rekonstruirani su temelji stupova kontaktne mreže i postavljeni novi stupovi na koje će se ugraditi vozni vod. Položena je kabelska kanalizacija, a u završnoj je fazi izgradnja objekta za smještaj signalno-sigurnosnih i telekomunikacijskih uređaja. Ugrađeni su stupovi kolodvorske rasvjete te se montira rasvjeta. Promet na Brajdici sada teče i po rekonstruiranim kolosijecima kako bi mogla započeti rekonstrukcija preostalih kolodvorskih kolosijeka. U željezničkom tunelu Sušak cijev postojećeg tunela proširuje se za još jedan kolosijek duljine 423 m. Izgrađena su dva dijela portalne građevine i gradi se treći dio te se radi na bušenju i proširenju tunela. Dosad je iskopano oko 280 m punog profila od ukupno 309 m. Na kontejnerskom terminalu Brajdica završeni su radovi na izgradnji četiriju novih kolosijeka, dugih oko 380 m. Upravo se izvode i radovi za izgradnju skretničkog područja koje će povezivati željeznički kolodvor i kontejnerski terminal. Dovršetkom radova željeznički kolodvor i kontejnerski terminal imat će osam novih, rekonstruiranih kolosijeka na željezničkom dijelu, četiri potpuno nova kolosijeka na kontejnerskom terminalu i novi izvlačni kolosijek u tunelu.

Projekt “Modernizacija i elektrifikacija željezničke pruge Zaprešić – Čakovec (R201) na dionici Zaprešić (isključivo) – Zabok (uključivo)” vrijedan je 614,4 milijuna kuna, od čega se 85 posto sufinancira EU-ovim sredstvima. Od 1. travnja 2019. do 31. listopada 2019. zbog opsežnih radova pruga je bila zatvorena za sav željeznički promet, a putnike su prevozili zamjenski autobusi. U tom razdoblju u cijelosti je položen novi kolosijek. Uređeni su i peroni u kolodvorima za prihvat putnika, izgrađeni željeznički mostovi i propusti, a završeni su i radovi u pothodnicima kako bi putnici sigurno mogli doći do željenih perona. Predstoje još završni radovi na peronima, na dovršetku odvodnje uz prugu, na kontaktnoj mreži, izgradnji parkirališta kao i na dovršetku cestovnoga mosta Horvacka i ugradnji signalno-sigurnosnih uređaja. Također, razvlačit će se vozni vod, a u Zaboku će se polagati i prvi i drugi kolodvorski kolosijek te graditi bočni peron.